1676年6月1日，在法国巴黎某街巷的一栋房屋前，一名来自德国的年轻人正在登门求见。房屋主人是一位名叫克雷色列尔的老人，他生性固执、占有欲非常强，一生以笛卡儿秘密的守护者自居。眼前这位年轻人，就是鼎鼎大名的德国数学家及哲学家莱布尼兹，他正带着德国汉诺威公爵的介绍信，请求克雷色列尔批准他整理、抄写笛卡儿的秘密手稿。克雷色列尔万分不愿意地打开门。
莱布尼兹飞似的审视笛卡儿的秘密手稿，希冀在这充满假名、难解语言及神秘符号的文稿背后，能找到半点蛛丝马迹。他的视线停驻在世界主义者波利比奥斯(POLYBIUS)这个名字上，这是笛卡儿的另一副面具，里面藏着笛卡儿的另一种自我意识、另一个“我思”(cogito)。这副面具之下是是怎样的另一张脸？莱布尼兹只誊写了一小部分手稿，老绅士就不胜其烦地说：“我不认为你会看得懂。”结果在数年后，这份手稿竟完全消失于世上，即使过了三个世纪，世人依然无法解释莱布尼兹誊写的一丁点内容。
本书由《费马最后定理》的作者写成，他以数学家的触觉，为我们绘画出笛卡儿的心智成长过程。在十六世纪末期的欧洲，到处都是宗教战争和宗教裁判所的伤痕，笛卡儿的母亲从她的家乡天主教盛行的普瓦图区，来到信奉新教的图伦省拉海镇，在那里诞下了未来数学家勒内·笛卡儿，当地人称他为“来自普瓦图的勒内”。几年后，笛卡儿的母亲在诞下第四个儿子后去世，他的弟弟在襁褓中夭折，他那经常公干的父亲后来也另觅发妻。当我们读到这段家庭史，又仿佛感受到笛卡儿童年的孤独。
笛卡儿生前未获贵族头衔，不过他承继的不动产之多足够他在不拿薪金的情况下能从事学术研究及周游列国。笛卡儿也像他父亲一样爱好冒险，于是他走到信仰新教的荷兰，投效那骚的莫里斯亲王，从此戎马一生，来回于欧洲各地，直到在波希米亚遇上了一支当时欧洲兴起的名为蔷薇十字会的神秘主义组织。这支神秘主义组织声称掌握了所有科学知识，当时许多科学家私底下其实都是蔷薇十字会的狂热信徒，连数学家笛卡儿也不能例外。或许，在笛卡儿心里，坐标几何、几何对称甚至微积分的背后，都隐藏某种神秘的秩序。古希腊哲学家毕达哥拉斯不也相信某种神秘的数学秩序吗？
在作者的笔下，我们仿佛跟着这位头戴配有羽毛的天鹅绒帽，脚穿带银扣的鞋子，腰配长剑，意气风发的少年数学家，在追逐异性的舞会中露面。然后看着笛卡儿怎样加入新教军队，怎样在佛兰德斯的市镇里认识一位名叫贝克曼的荷兰人，从而开始沉醉于古希腊数学奥秘的旅程。
笛卡儿的身份的确像他的兴趣一般多，读数学的人认为他是数学家，读哲学的人认为他是形而上学家和现代哲学之父。他是如何从数学家变成理论物理学家又变成实验物理学家，最后又怎样成为哲学家，从而在暖炉旁边提出他那句“我思故我在”的格言呢？作者审视宗教改革时期纷扰不已的历史，为我们梳理出笛卡儿的一生，他那小心翼翼著述的历史，他那充满坎坷的出版历程，作为虔诚天主教徒的他与天主教神父如伽桑狄之流的激烈论战，甚至他的秘密恋情，都丰富了他对灵魂与肉体关系的体会。
灵魂一旦从肉体分割出来，“我思”的意识就发现了自己，并且自然地走上了启迪后辈的哲学之路，而这个声称“我思故我在”的灵魂，亦必须承受世上的痛苦。但灵魂必须在某个清醒的孤独时刻，面对着暖炉般的明净环境，才能意识到自己与那耽溺享乐的花花世界有多不同，这个时刻意味着从纷扰充满战争的世界中暂时抽离，将丰富的人生经验沉淀吸引。作为数学家，笛卡儿无疑是伟大的，但如果缺乏了这个充满意识地提出“我思”的灵魂，笛卡儿的一生就显得残缺不全了。阿克塞尔的读者将会渐渐发现这本书不单试图探讨笛卡儿的秘密手记，更试图将笛卡儿甚至莱布尼兹的哲学生活从科学生活中抽出来比较，这样读者对于两者的关系也更一目了然。