会议的最后两个题目，是文革研讨。大会是在四十年前文革正式肇端的《中共中央五一六通知》下发四十周年的时刻召开的。与会者们对刘国凯的人民文革论展开了激烈的论争。论证的结果，并不能否定刘国凯所指出的一系列历史事实，例如临时工外包工造反司令部的兴衰等，说明文革并非完全按照毛泽东所构想的方式进行。其中不断有平民为自身权益奋起反抗的活动。这些活动当然没有明确的纲领和路线，几乎全部借用毛泽东的口号和教条，来争取生存和尊严。这是在思想极度专制的条件下无可奈何的情况。但是不能否认，他们的反抗确实是打击了中共的特权统治。民阵主席费良勇先生指出，刘国凯的研究填补了文革研究的一个空白。尽管他的这个“人民文革”概念不太准确，而且有点共产文化的味道。可以改为文革时期平民自发的维权潮，较为妥帖。会议的讨论证明，这一争议对党化“文革研究”的误导具有纠偏的重要作用。决不能听任官方研究一笔将造反派抹倒，把文革罪责仅仅推到四人帮和造反派身上，是中共官方的狡猾的遮掩。
会议充分肯定了宋永毅、王友琴为代表的文革研究，揭露了文革暴行最严重的时期都不是发生在党政机构瘫痪的时期，而是党政机构大权在握的时期，资产阶级反动路线时期和清理阶级队伍时期（有的地方打击所谓的五一六），一打三反时期党政领导稳固，非正常死亡人数达到最高潮。其实打击迫害都是党政机关一手制造的，党才是真正的元凶。发言者认为，文革研究受到限制是共产党害怕研究的结果使人民认清党的真实面目，所以阻挠研究的深入。康正果提倡历史研究需要冷静，抑制反迫害的受虐狂热。反驳的意见认为，历史不可能完全摆脱正义的判断，而且国内人民至今还不能正常地表达正义的判断。当年的高干子女红卫兵现在几乎都是权倾一时的高官。蔡崇国希望中国社会再也不要重回文革时代那种一元价值判断的状况，社会价值判断必须多元化，才能出现和些宽容的风气。黄元璋提倡文史研究讲究正义和理念。
国内电脑网络的大会听众向会议提出问题说：这样的文革讨论对国内的政治能有什么现实意义？主讲人对此一一作答。有的研究者认为，文革式的共产党暴政不是三年，也不是十年，而是至今还存在，例如现在的反人权的各种国家暴力行为，研究文革就是要彻底结束一党专制的共产党统治，找到通往民主、自由的道路。