“这世界不再令人着迷”是王元化晚年最关心的话题，据他的弟子、华东师范大学中文系教授胡晓明透露，他一直有着“文明的忧虑”。
2005年3月2日，王元化在口述给美国威斯康辛大学历史系荣休教授林毓生的信中引用了上述标题，副题是“关于文明的物质化、庸俗化与异化的通信”。
事情缘起于2004年12月，王应朋友建议，在上海美术馆举办了一个“清园书屋笔札展”，他说：“我已经老了，没有力气再做什么事，我想通过这次展览，多少显示出一种和只顾向钱看的消费主义和娱乐文化有所不同的文化氛围，但是我失败了。”
令他沮丧的是，那些观展者多半来是看热闹的，那些能够体察他“那点用意和苦心的”却寥寥无几。最令其啼笑皆非的是留言簿上，经常会有“某某某及其女友某某某到此一游”，或画上一颗心，“某某某及其女友共同签名”。
然而10年前，他在新华书店签名售书，那些读者还“求知欲很强”，他对短短10年间，国内文化衰败及人文素质下降的速度之快表示吃惊，由此“想到我们悠久的文化传统，倘听其毁于一旦，实在是于心难堪此劫”。
其实2002年，王元化受到史华慈教授有关中国与当今千禧年主义临终遗言的启发，开始思考这一问题。史氏的基本观点是，以美国为代表的西方世界所形成的物质主义及消费主义浪潮正蔓延全球，并被作为一种普世理念传播，从而忽视了新科技及经济全球化所可能导致的诸多伦理问题。
重读陈寅恪的所有著作并发表、整理或出版系统性的读书札记，是王元化去世前另一个雄心勃勃的计划。
陈是王元化生前最推崇的学者，在他精力尚佳时曾细读《柳如是别传》，做过大量眉批。大约从2006年开始，他找胡晓明等学生开始做这个工作，原计划是每周谈两到三次，可也仅仅两三次之后，便再也无法持续。除了学生大都本身教学科研任务繁重，时间不自由外，王的身体也每况愈下。
2002年10月，王元化被检查出前列腺癌，开始推谢一切社会活动；后来又患眼疾，右眼视力完全丧失，写作只能以口授、他人笔录方式进行；去年下半年被医院确诊为肺癌，直至今年5月9日去世，一直缠绵病榻。
清华情结
王元化1920年出生于湖北武昌一个信仰基督教的知识分子家庭。一岁时母亲带着他来到父亲任职的清华大学团聚。童年都在清华南院度过，住在南院12号。1920年代清华国学四导师除梁启超外均居此处，其中1号为赵元任，2号为陈寅恪，17号为王国维。1997年，王元化曾应央视《读书时间》节目邀请，重返清华园。在此前，其“清华情结”已经颇为彰显，他在上海的书房名就是“清园”，著作多以“清园”为题，从1993年第一次以《清园夜读》为题的文集，到2007年《清园谈戏录》，延续十数年之久。
清华园所倡导并为诸多学人先辈所躬行实践的“独立之精神，自由之思想”深为王元化推崇，他对清华建校时从美国引进的政治与学术分开的教育原则也十分肯定，并认为在当代也具有重大意义，因为“我们太重功利，不承认学术的独立地位，必须使它依随学术以外的目的。后来更强调政治统帅一切，把立场和态度看得比什么都重要”。
胡晓明说，王晚年经常回忆儿时在清华园度过的美好时光，“可能年龄越大，旧时的记忆越清晰”，这与一般学者只能通过经典文献感悟大师不同，他是能够直接触摸到的，就是那个每天在他放学回家路上经常看到的——拖着一条长长的辫子在南园散步的王国维，清华园对他的影响已经浸入血肉，在积淀数年后，独特的治学精神和气质更为凸显。
1997年，王元化参加杭州大学百年校庆，他被介绍为“原上海市委宣传部部长”，而非“思想史的学者”，他由此感叹“与过去相比，今日大学已成官场，大学不再以学者为荣，举行校庆时，竞以官阶相炫”。此时，他拿来与过去相比的参照是原清华大学校长梅贻琦，梅主政时自比唱王帽的老生，在戏台上名为皇帝，实为配角。他称赞梅虽自然科学出身，却中西文理兼通，治校自然有大学之谓大师之相。
他的1990年代日记及诸多文章中，多有提及清华，1999年，为了发表一篇有关反思五四的文章，他向报社一位负责人据理力争时，又提到了立在清华大学校门内的那块碑铭，即“独立之精神，自由之思想”。
基督教精神
1999年1月接受学者李辉采访时，王元化谈及基督教家庭对其影响时说：“如果基督教对我有什么影响，那恐怕就是《新约》中的基督教精神吧。直到今天，西方十九世纪文学仍是我最喜爱的读物。解放后，我没有在文章中谈到过苏联的作家和作品，因为引不起我的兴趣。”
他与夫人张可皆为莎剧研究专家。黑格尔的《小逻辑》，他精读过四遍，莎翁与黑格尔的经典名著，使1955年王氏在受胡风案牵连被隔离审查后得以度过痛苦的精神危机。
王元化的大家庭深受西方教会教育影响：父亲王芳荃少时家贫，得教会资助，为上海圣约翰大学首届毕业生，后赴美留学获芝加哥大学硕士学位，1915年在清华任教；母亲桂月华曾在上海圣玛丽学校就读，外祖父则为一名传教士，曾为沙市圣公会第一任会长。
张可出身于苏州书香世家，毕业于暨南大学外文系。1948年，王张二人的婚礼在上海以基督教仪式举行，1986年与2006年，王元化先后在同一个地方——上海衡山路国际礼拜堂，为母亲、妻子送别。
王元化出生即受洗，成长于基督教及中国士大夫传统教育的家族氛围之中，其人格、学术、思想难免受其影响。
1953年，王元化赴京参加全国第二次文代会期间首次见到毛泽东，在记述心怀时，他提到了基督教的影响，“许多人都怀着虔诚膜拜的神情拥过去，我觉得自己没有这个情绪，只有我在原地站着，内心不免有些惶恐。这大概就跟基督教精神的影响有点关系，因为在神的面前，人人平等。”
其实这种人性平等的观念反映在他的很多行为中，不是为了做秀，而是服从自己的内心。1990年，他作为国务院第二届学科评议组成员赴京参加会议，即将结束时的某天，突然有工作人员通知他们等候赴人民大会堂，但不告知原因，王元化预料是受领导接见拍照，当即提出自己患有腰疾，不能随行，还得到许多人以请假做为响应。
北钱南王
“北钱南王”与“北李南王”这两种称谓，大约在1990年代后期流传于学界及传媒，意指彼时学术版图中的地标性人物。前者具指“北有钱锺书，南有王元化”，其学术坐标为中国古代文论——王元化《文心雕龙创作论》、钱锺书《管锥编》、《谈艺录》、《七缀集》，季羡林《中印文化关系史论集》等同获中国首届(1979-1989)比较文学荣誉奖（最高奖）；后者中的“李”指已经故去的李慎之先生，概指二人的晚年反思对中国思想史的贡献皆为泰斗级人物。
1981年，钱锺书、王元化与王力、王瑶、朱东润、吕叔湘等被任命为国务院第一届学科评议组成员，王元化时年61岁，比钱小整整10岁，是其中最年轻者，后来又连任一届。图书获奖后，钱对王说，“我可不承认我的书是比较文学，你呢？”
经钱介绍，王元化还在1980年代初结识了马悦然。王在《1991年的回忆》中记载，“当时钱先生曾向我说，我不会把不相干的人介绍给你，这个人是不错的。当时马悦然还不是瑞典皇家文学院的院士。他当选为院士（同时也就成为诺贝尔文学奖的评委）以后，不知为了什么，钱锺书和他的交往逐渐疏远，以至断绝。有一次我听到钱锺书批评他说：他的董仲舒也搞不下去了。”
1991年，他们偶然在香港相遇，马悦然携带了录音机请王向他介绍大陆文学界现状。王元化在文章中对后来马于大陆遭受的责难表示不平，比如1986年的上海金山国际汉学会议上，马悦然向与会者解释，中国作家之所以从未获得诺贝尔文学奖，一个重要原因是汉语作品的翻译质量会影响评委的理解，结果被当众指责：“诺贝尔奖究竟是文学奖还是翻译奖？”
“我看到他那发窘的样子，心中不禁对他有些同情。”王元化说，“我相信马悦然的说法，中国作品能不能获奖，翻译是一个重要因素。但是每逢争论到情急的时候，就会出现以意气代替理性的慷慨陈词，所以他的多少含有善意的发言，被表示激愤的抗议声所淹没，最后只落得一个马悦然对中国有成见的坏名声。”
据王元化弟子胡晓明透露，钱王二人经常有往来，后者每出新书，往往寄赠予钱，有一次王元化拿着一封信对胡晓明说，“这是钱先生的来信，他用‘博雅’二字评价我的《思辨随笔》。”而“博雅”正是以吴宓等人为代表的清华学派的一种重要风格，主张治学的中西参证，博学通达，自然深为王元化所喜。
王元化对钱锺书的学术贡献评价甚高，称其“是一个博闻强记的学者，没有人可以代替”，“钱先生去世，意味着本世纪初涌现出来的那一代学人的终结”。同时，王也有保留意见，他并没有将钱与王国维、陈寅恪相提并论。
至于“北钱南王”的说法，王在同年7月通过媒体进行了谦虚回应：“钱锺书是前辈，我各方面的学识都比不上他。社会上有种种说法，事前我并不知道，我没办法。每个人对自己都应有恰当的评价。我作出了一点小小的成绩，但不能过分夸张。”
北李南王
李慎之与王元化之间有误会，也有思想分歧，这在1990年代后期已经不是什么秘密，因此相对而言，不如王钱关系融洽，这不能不说是学界一大憾事。两位学者均为党内高干，一个被打成大右派，一个是胡风分子；在发现和推动评价顾准的思想贡献方面皆不遗余力，特别是自1990年代始的反思卓有成就。
知情者透露，最初的误会来自李慎之于外界所闻对王元化“官方学者”身份的不认可，对此前者在参加1994年于山东曲阜举行的“文学与儒学”研讨会上，还曾专门向胡晓明问及，胡做了澄清，回沪后向王元化做了沟通，“消除了误解”。此后二人还相互赠书。
但1990年代对于五四及激进主义的反思，李慎之与王元化存在不同观点。2001年1月6日、13日，上海《文汇读书周报》连载发表了王元化的《1991年的回忆》，全文两万余字，其中提到，“主持朱学勤（时为复旦大学历史系金重远先生博士生）的学位论文答辩（指朱的博士论文 《道德理想国的覆灭——从卢梭到罗伯斯庇尔》）这件事，是导致我在九十年代进行反思的重要诱因。他的论文引发了我对卢梭《社会契约论》的思考。这一思考延续到本世纪末，直至1999年我才以通信形式写了长篇论文《与友人谈契约论书》，作为自己对这一问题探讨的思想小结。但是完全出我意料的是，就在我进行反思不久，朱学勤却发表了一系列批判反思的文章。（事实上，早在1995年6月5日的日记中，王元化即提到“最近慎之在一篇文章中说，目前不宜对五四激进主义进行批评云云”，后来的日记中他又对自己被莫名归入“传统派”不满，因为王素来厌恶学界拉帮结派风气。）他认为九十年代的反思是对八十年代启蒙的倒退，其标志就在于反对激进主义。”文章说，几年后朱的观点起了变化，“在一篇文字中，声称他和李慎之是不赞成激进主义的。不过，他没有提到他过去对这问题的态度，也没有提到在他们之前已有人反对过激进主义。”
1月14日，朱学勤通过网络发表了近万言的回应文章《敬答元化先生书》，在为自己辩解的同时，一方面为师生之谊破裂深感痛心，另一方面为王李二人的分歧公开化感到遗憾：“先生在网上发表的这篇长文，几乎是在向世人公布您和慎之划清界限！”
王元化在1990年代反思的一个重要成果就是反思五四，作为标准的五四一代，他曾经长期坚信，五四的反传统和倡导西化是天经地义的，五四思想必须全盘继承。但在写《杜亚泉文集序》时，经过半年的阅读及思考，他认识到五四精神的一些缺陷，如意图伦理、功利主义、激进情绪、庸俗进化论等观点是不应继承的。
王于朱有知遇之恩，因为后者的论文当时被批为“资产阶级右翼保守史观”，王在此关头出任其论文答辩委员会主席，方得通过。而恰是该论文引起了王元化“剧烈的思想碰撞”，通过思考阅读，促使他“对卢梭的国家学说、对法国大革命的认识，发生了很大的变化。我开始去寻找极左思潮的根源，纠正了原来对于激进主义思潮的看法。”
朱回应说，十年来，他并未放弃反对激进主义，只是在同时也需反对犬儒主义，“因为第一种反思，是在反思激进主义中坚持对现实的批判，而且因为有反思，这种批判才能掘进深化；第二种反思则不然，是在反思中往后退，放弃对现实的批判，可能导致犬儒主义。”而后者导致王元化误解。
朱文发表后，王元化未予公开回应。
1997年4月15日，王元化看到《报刊文摘》转载的李慎之回忆《胡乔木与钱锺书之间一段鲜为人知的文字佳话》的文章，在当日日记中称，“慎之有此文此论，殊觉意外。”文中说“乔公与钱先生两位大家历来以改人文章点铁成金著称”，王元化对钱表示认可，对“胡公”则是“另外一回事了”。因为胡的笔墨生涯不是与学术连在一起，而是与政治连在一起。他一度宣称他批异化论和人道主义的文章可以讨论，但不同意见却始终无法发表，只能在港刊上找出路。
2003年4月，李慎之在北京去世，王元化发唁电：“我和慎之虽然相识较晚，但从朋友那里听到他的为人和过去的遭遇，我对他是深感同情和尊重的。虽然我们在一些观点上（如对传统文化和“五四”运动）存在着分歧，但在总的方向和追求自由民主的立场上，是完全一致的。这两年来，我读过他发表的一些文章，曾与几位朋友谈过，我感到我们的观点渐渐趋向一致。我怀着期待，希望在更多问题上我们能够增进更深的了解。如今，噩耗传来，使我不禁感到茫然若失。我的年龄比他大，没有想到他竟会先我而去，我没有在他生前把我的一些想法向他倾吐，这是我深深引为遗憾的。关于我与慎之的关系，外界流传着一些不确切的说法，今天趁我对他的逝世表示哀痛的时候，我愿向朋友们作一内心告白。”
顾准与胡风
顾准与王元化相识于1939年，当时顾任中共上海地下党文委副书记，王是顾领导下的文学小组的一个党员。他到老都记得顾准第一次参加他们的小组会，拎了几包糖果走进来时的样子。大家都觉得这个人有人情味，但自1939年分手后便音讯全无。
1938年初，王在江苏省文委工作，当时的文委书记即为孙冶方。相对顾准，孙冶方与王元化的交往更多，但自抗战孤岛时期分手后40年才得以重逢。王元化认为，在极左及“文革”时期，顾准能够将自己的思想记录下来并传诸后世，与孙冶方长期担任（1957年开始）中国社科院经济所所长所营造的特有小环境有关，当顾被打成右派时，是孙邀请他到经济所工作，而庐山会议后，张闻天也被下放至此，还有骆耕漠、吴敬琏等。
王元化与胡风相识于1945年，但较少交往，当时地下党文委一位领导认为胡有严重政治问题，王表示缺乏证据，因此在解放初期未获工作安排，直到1952年他任新文艺出版社副总编辑时，推荐张中晓入社工作，并出版了胡风的两本书，该出版社后来在反胡风运动时被定为“老窝”。
1954年底开始的反胡风运动很快由思想问题上升为政治问题，迫于形势，时任市委宣传部长的彭柏山将王元化、孔罗荪叫到办公室，拿出刚刚下发的一个红头文件说，“中央责令每个党员都要写批判胡风的文章。这件事很严重，是毛主席亲自抓的，我也要写，你们也要写。”后来，王元化在2003年撰文怀念胡风时还为此事不安，称“这是我一生中所写的至今内心深以为疚的文章”。
1955年4月底，张春桥接替调京的夏衍成为上海文委书记并成为反胡风专案组成员，王元化立即被隔离审查，从此开始频遭厄运。
1959年王元化被认定是“胡风反革命集团骨干分子”，开除党籍；“文革”开始后，又被打成历史、现行反革命，下放到奉贤农场劳动改造。在反胡风及“文革”期间，王的精神遭到严重创伤，曾两度发作心因性精神病。23年后的1979年10月才得以平反，时年已经59岁。
值得一提的是，周扬对王元化一直颇为看重，他认为后者是党内少数对马克思主义文艺理论造诣较深的学者之一，曾提出如果王能够承认《人民日报》公布的三批胡风集团的材料属于反革命性质，可将其作为人民内部矛盾处理，但为王所坚拒。
平反后的王元化曾将自己与胡风的通信拿到《文汇月刊》发表。其实他对胡、周也有自己的看法，曾向友人提及贾植芳对胡玩笑似的评价：如果胡风当了官，可能“比周扬还周扬”。
1983年，王元化刚担任上海市委宣传部长，胡乔木对巴金在香港报纸发表随笔反思“文革”很不高兴，通过上海市委让他出面做工作，换掉巴金的上海市作协主席职务。王元化说：“你们代表市委作决定，我服从，但让我先提出报告，我不能干。”
王元化顶住了压力，巴金的作协主席也没有被换掉。
进入1990年代中，王元化还是保持着独立思想的锋芒，影响更大的就是推动《顾准文集》的出版。1989年，他先后发表《记顾准》、《再记顾准》进行怀念和介绍，还让胡晓明与贵州人民出版社接洽促成了《顾准文集》在1994年出版，并收录了两篇港版未能收入的谈民主的文章。
《顾准文集》本来在1989年就能出版，然而直到1994年，顾准逝世20周年，顾准的弟弟陈敏之自己掏了1.5万元钱才得以出版。1995年，思想界掀起了“顾准热”。
1996年10月，王在日记中记载，该书责任编辑告知，他及领导因出版该文集被召赴京，责令交待稿子的来源及出书过程，出版后为什么引起广泛社会反应等等，该责编因此未能晋级。
认为该文集为当时他读到的“一本最好的著作”，评价顾“在造神运动席卷全国时，他是最早清醒地反对个人迷信的人；在凡是思想风靡思想界的时候，他是最早冲破教条主义的人”，“比我以及和我一样的人，整整超前了十年”。
丁东因为编辑《顾准文集》与王元化结缘：“‘顾准热’不是一个孤立的个人的事件，它是中国九十年代整个思想界的缩影，通过研究顾准、讨论顾准，知识分子们找到了一个学术思想和现实相结合的新的出发点，不仅是反思百年来的革命，也是反思百年来的政治形态、社会生活。王元化可以说是这场思想潮流的一个推动者。”
“新启蒙”和“学林”
1980年代末、1990年代初，王元化编辑和出版了《新启蒙》和《学术集林》，前者代表了他在80年代倡导的新启蒙的学术与反思，后者体现了他的“学术的思想与思想的学术”的治学实践。
1988年10月，《新启蒙》第一册《时代与选择》出版。
原计划是每月出一册，但是由于出版发行方面的种种障碍，实际上每两个月出一册，其他三册分别是《危机与改革》、《论异化概念》、《庐山会议教训》。
《新启蒙》第三册发行后，王元化在1989年4月一次答记者问中，把办刊宗旨作了说明：“丛刊不是时评性的，也不是纯学术性的，而是从文化角度的高层次来探讨人人关心的具有现实意义的问题。”
第五册本应是1989年6月出版，5月初时编辑部的稿件其实已经编到了第六册，但由于不久后发生的政治风波，第五册未能与读者见面。
“他更愿意说他是一个有独立思考的人。”丁东说，“1990年代，知识界恢复公共性话语，王元化影响非常大。在邓小平南巡以前，知识界公共领域实际上处于失语状态，当时是以反对和平演变为主旋律的，1980年代以来的思想解放已经没有话语空间了，如何恢复知识分子的公共话语空间，王元化起到的作用很独特。”
1994年6月，李泽厚发表了一篇《思想家淡出，学问家凸显》；8月王元化主编的《学术集林》就公开表示不同意“将学术界一些人开始出现探讨学术的空气说成学术出台思想淡化”，后来他谈到学术与思想的关系，“思想可以提高学术，学术也可以充实思想。它们之间没有不是东风压倒西风，便是西风压倒东风那种势不两立的关系”。
《学术集林》持续到1998年11月，前后共十五卷，王元化对每一卷都写了卷后记，可以发现诸多他记述反思的思考路径、读书心得、对学术思想界重大问题的观点等。余英时批评郭沫若的文章就是在《学术集林》发表的。
1990年代是公众熟知的王元化反思年代，为此曾著《九十年代反思录》，称其为他奉献给读者最成熟的反思成果，这段反思尤以从1990年代中期开始最有突破，王元化对所谓知识分子阵营保守、自由、激进三派划分的否定，重新反思卢梭的国家学说等，可以说这段时期正与其思想史的反思同步。
主持《学术集林》并不是为了把持一个学术山头，在《九十年代日记》里，王曾对钱文忠戏言，“现在学术界有拉帮结派之风，我不参加互助组，也不参加合作社，准备单干到底。”
