零点15分许，又有38军112师的两辆装甲车进入天安门广场东西两侧大道，风驰电掣，横冲直撞，围绕着广场转了好几圈，向学生炫耀武力。数以万计的民众试图筑成人墙加以阻挡，但装甲车毫不减速。
凌晨1时30分，北京市政府和戒严部队指挥部发出《紧急通告》，称：首都今晚发生了严重的反革命暴乱。解放军现在必须坚决反击反革命暴乱。凡在天安门广场的公民和学生，应立即离开。凡不听劝告的，将无法保证其安全，一切后果完全由自己负责。
该项《紧急通告》用高音喇叭广播了约3小时14分钟，许多市民和少部分学生在听到《紧急通告》后，开始离开天安门广场。至凌晨2时许，几十万人的广场，只剩下几千名学生和市民了。
随着枪声的临近，和平、理性、非暴力的宗旨面临空前的考验和挑战。广场上越来越多的学生要求拿起一切可能的武器进行殊死抗争，尤其是那些来自屠杀现场的学生和市民，情绪极为激烈，极度悲愤。他们破口大骂依然有序地静坐在纪念碑底座一带的学生。
不断哭泣的柴玲曾一度冲动得难以自制，通过广播对广场上的学生大声疾呼：“无耻的政府已经大开杀戒，同学们，我的同学们，你们一切有能力抵抗的人 ，拿起任何可以作抵抗的东西，到广场边缘去，准备自卫、准备反抗！”
凌晨1时25分，一路开枪的空降兵第15军43旅2营在营长周家柱率领下抵达天安门广场南侧，后续部队陆续抵达。该军副军长左印生到人民大会堂向清场指挥部报到，指挥部人员十分兴奋。周家柱事后被中央军委授予“共和国卫士”称号，一路升官。
凌晨1时30分，将西长安街杀成血路的38军抵达天安门广场北部，集结在天安门城楼前。随队指挥的北京军区副司令齐连运兴奋地通过电台向清场指挥部报告情况。从公主坟到广场约7公里，38军花了4小时才抵达，可见民众是如何奋不顾身地阻拦。
空降兵第15军和38军都宣称自己是最先抵达天安门广场的部队，其实最先抵达的部队是北京军区炮兵第14师。该师驻扎北京火车站，距离广场仅2公里，零点零10分，该师先头部队从东南角进入广场，集结在广场东侧的中国历史博物馆面临天安门广场的西门前。
提前进驻广场东侧中国公安部机关大院的24集团军，一部于凌晨1点从南门冲出，一部于凌晨一点30分开枪从西北门冲出，集结在中国历史博物馆西门前。数以百计的学生和市民试图接近他们，加以宣传劝导，但受到军人端枪阻吓，未能奏效。
凌晨2时许，广场指挥部秘书长郭海峰等十多人乘坐一辆公共汽车回广场，在天安门城楼东边的东长安街遭到集结此地的38军部队开枪扫射，司机当场身亡，郭海峰等人被捕。官方事后谎称郭海峰等人企图焚烧天安门城楼。
凌晨3时许，39军116师347团约6百名官兵在团长艾虎生率领下，全体官兵上刺刀，抵达广场，是116师唯一成建制按时抵达广场的部队。艾虎生其父艾福林曾任沈阳军区炮兵副司令。艾虎生一路升任成都军区副参谋长，中将军衔。
在此前后，一些部队奉命占据北京各交通要道。39集团军115师部队占据了建国门立交桥，40集团军占据了西直门立交桥，64集团军向德胜门立交桥、马甸立交桥挺进。
凌晨2时许，38军派出一支特种小分队清理天安门广场北面边沿地带。位于广场西北角的北京工自联总部首当其冲，帐篷起火。工自联总部原先处在天安门城楼西观礼台，在屠杀事件发生后，工人弟兄出于保护纪念碑一带学生的考虑，将总部迁移到接临长安街的广场西北角。
在89民主运动中，最具有道德勇气、牺牲最惨重的不是学生，更不是知识界人士，而是北京市的工人 弟兄和市民。为了保卫天安门广场，保护天安门广场上和平请愿的学生，他们一直在用血肉之躯阻挡着武装到牙齿的解放军戒严部队，浴血奋战，奋不顾身。
3时许，广场仅剩的约三千多名学生集中纪念碑周围。学运之声广播站不断向四周的军人呼吁：“我们是和平请愿，是为了祖国的民主自由，为了中华民族的富强，请你们顺从人民的意愿，不要对和平请愿的学生采取武力……”
学生们在做和平抗争到底的准备，有学生送来一桶桶水，让大家将手中的口罩、毛巾用水浸透，以防护催泪瓦斯。另有一些人在搜集棉被、棉大衣，铺在纪念碑外围地上，以阻止装甲车和坦克前进。说是装甲车和坦克的履带 遇上软绵绵的棉被和棉大衣会无法前进。
刘晓波将一支从工人手中交来的枪在纪念碑栏杆上砸毁，学生指挥部情报部长辛苦将一挺不知来历的机枪丢弃。集中纪念碑四周的约三千学生手无寸铁，连石块木棒都没有，决心以和平抵抗方式突显中共的残忍。
凌晨2时30分，广场副总指挥封从德和刘晓波等四名绝食者先後发表广播讲话，呼吁学生在最後一刻一定要坚持采取非暴力的抵抗方式，放下手中的棍棒、汽水瓶子和石块等不能算是武器的武器。
凌晨3时许，从木樨地等屠杀现场回广场的北高联常委邵江（北大数学系学生）哭求周舵等率领学生撤离，说太惨了，不能再死人了。周舵提议和平撤离，高新、侯德健同意，刘晓波不同意，在三人再三说服下刘晓波改变了态度。
周舵等人希望广场学生指挥部出面与戒严部队谈判，带领学生和平撤离。柴玲、李录、封从德不同意。侯德健、周舵、一位医生、纠察队员乘一辆面包车前往广场北部，与38军112师336团政委季新国接触谈判。季新国紧急请示，戒严部队同意学生撤离。
凌晨4时整，天安门广场上熄灯，广场上的人都感到最后的时刻来临，数千人悲壮高歌《国际歌》，“这是最后的斗争，团结起来到明天……”广场上播出戒严部队指挥部的《清场通知》：“现在开始清场，同意同学们撤离广场的呼吁。”
我和同校青年教师刘苏里（现是北京万圣书园老板）及特别纠察队队员坐在纪念碑底座最高一级台阶上，异常平静地等待着最後时刻的来临。刘苏里镇定而自豪地对我说：“几十年来第一次这么轰轰烈烈地干了一场，咱们哥俩今天就是死也值了。”
此时，政法大学研究生浦志强对身边同学发誓：“如果我活着，每年这个时刻一定回到广场悼念死难者。”后来，无论是当农贸市场的劳工，还是当律师，除了有几次被公安强制看管外，他真的每年都到广场悼念。
预先进驻人民大会堂的27、65集团军及63集团军187师从面临广场的大会堂东门出来，黑压压一片。27军由三个侦察连、一个步兵连组成的特遣分队，在军部侦察参谋赵勇明的率领下向纪念碑底座挺进，任务是摧毁学生指挥部，逮捕学生领袖。
熄灯后不久，金水桥前的38军装甲车和坦克向广场推进。碾过一座座帐篷。转眼间一辆重型坦克已推进到纪念碑前，撞倒了最西侧的一根铁旗杆。粗大而结实的铁旗杆在钢铁庞然大物面前犹如弱不经风的嫩芽，轻易就被折断了。
4时30分，广场重新亮灯。数以万计的军人从东、西、北三个方面潮水般涌向纪念碑底座。由于身后阻隔着纪念碑，我看不见南面的情景，事后据纪念碑南侧的学生说，纪念碑南侧也有数以千计的军人逼近，并伴有大量的坦克和装甲车。
由于学生没有任何抵抗，27军特遣分队端着机枪、冲锋枪很快冲上纪念碑底座，开枪击毁绑在纪念碑上的喇叭，摧毁学生指挥部。柴玲、李录等学生领袖已隐身学生队伍中，侯德健正在广播中介绍与戒严部队谈判撤离情况。
军人动用暴力驱赶纪念碑一带的学生。侯德健、周舵在纪念碑北侧连喊带拉地要学生撤离，遭一些学生痛骂。在军人持续使用暴力情况下，部分学生从5时许开始撤离，最先撤离的是东侧、南侧的学生，柴玲等人在南侧。北侧学生最多，最晚撤离。
纪念碑东南角是戒严部队所谓的学生和平撤离通道，这里集结了大量军人，挥舞棍棒等驱赶学生，许多学生受伤。周舵被一硬物捅到胸部差点昏过去，留下伤痕。他始终不知被何物所伤。我因写作《六四事件中的戒严部队》一书，搜集研读了许多资料，得知伤他之物是人民大会堂压地毯的铜条，伤人者是65军炮兵旅军人。
5时30分许，纪念牌四周的学生基本撤离，部分坚持不撤者遭到镇压。台湾《中国时报》著名记者徐宗懋头部中弹受伤，一名来自江苏的小民工冒死救助，背上他送往同仁医院，获救。医务人员纷纷悲愤告诉徐及同事，一定要将屠杀真相告知国际社会。
中共当局一直谎称军队在天安门广场没有开枪，广场没有死人。现至少已知有多名学生在广场遇难：包括中国人民大学双学士程仁兴、北京农业大学硕士研究生戴金平、天津师范大学本科生李建成。
清晨7时许，撤离广场的学生队伍在六部口拐上西长安街，避开路中央的快车道慢车道，沿自行车行走。坦克1师三辆坦克在团长罗刚率领下，一边开枪、施放军用瓦斯弹，一边快速追轧学生队伍，编号106的坦克冲向学生队伍，11人死亡，多人重伤致残。北京体育学院学生方政被压断双腿，高位截肢。
在六部口坦克追轧学生队伍事件中，北京商学院19岁女学生龚纪芳左胳膊中了坦克机枪发射的子弹，伤口很大，倒地后吸入军用瓦斯。医院死亡证明书称：死因主要是吸入毒气，肺部糜烂。
一位个体户小卡车司机主动提议将五具遗体（其中有北京科技大学博士生林仁富）运往政法大学，作为军人杀人的证据。当我和刘苏里等人撤回学校，一进门就看到摆在教学楼前课桌上的遗体，鲜血淋漓。我们跪在遗体前放声痛哭。
六四死亡人数至今是个谜。官方称死亡三百多人，包括军警。这是不可信的。学生队伍撤离广场回校途中，有人一路呼喊“中国红十字会说死亡2600人”。这个说法流传很广，但也未经证实。张万舒在2009出版的《历史的大爆炸》书中说，死亡727人。张万舒曾任新华社国内部主任，《解放军文艺》编辑刘家驹告诉他，中国红十字会党组书记、副会长谭云鹤说，死亡727人，每一具尸体都经他检验过。这个数字也不可靠，因为一些遗体被军人秘密处理了。中学生王楠等多位死难者即被埋在天安门附近28中学门前。
王楠是中共政治局候补委员丁关根外甥，凌晨1时30分许在天安门城楼东侧南长街南口拍照时中弹倒地，38军军人不顾老太太跪地哭求及医务人员恳求，不让送医救治，3时30分不治身亡。军人将他及其他死难者埋在28中学门前花坛。王楠的母亲张先玲令人尊敬，坚持不渝寻找儿子死难真相，找到另一位死难中学生蒋捷连的母亲丁子霖，共同发起寻找死难者行动，后来有了“天安门母亲”群体。
在丁子霖1995年出版的《六四死难者名单》一书中，记载了殷顺清、雷广泰、苏生机、李长生、郑春富、崔林峰、林涛、刘强等八名生不见人、死不见尸的六四死难者。
晚7时，中央电视台新闻联播节目，主播杜宪、薛飞身穿深黑色服装，含泪读官方清场新闻。俩人从此消失电视屏幕，但在电视台内部及社会广受尊敬。北京流传有人警告杜宪丈夫陈道明：决不能对不起杜宪。
92年6月杜宪离开中央电视台，到美国佛罗里达大学当访问学者，陈道明同行。冯小刚在纽约拍摄电视剧《北京人在紐約》，邀她担任女主角，与陳道明同台演出。当局施压，女主角换成洛杉矶的王姬，王姬一举成名。
薛飞离开中央电视台后境遇不好，92年以个体户身份远赴匈牙利创业谋生，曾摆地摊卖货。在异国他乡十载，2001年，已步入不惑之年的他回归故国。
北京民众可敬可佩，在军队开枪后数以万计的男女老少仍为保护广场上学生而奋战。凌晨1时30分至清晨7时，在天安门城楼东侧。民众数次冲击38军警戒线，试图进入广场声援学生，军人至少四次大规模打靶似地扫射，民众伤亡惨重。
在天安门广场南侧的前门西大街，数万名民众一整天持续冲击空降兵第15军警戒线，大白天军人清楚看到悲愤的民众手无寸铁，下不了手，不断对空鸣枪。到了晚上换岗，军人累得一头倒在雨地上。
清晨7时许，数以万计的民众将28集团军车队堵在西长安街木樨地一带，有民众从附近的邮电医院拿来血衣向军人展示。军长何燕然、军政委张明春带头消极抗命，不顾中央军委派来直升机在上空下达的进军命令，最后弃车而去。该集团军包括31辆装甲车、2辆电台通讯车在内的74辆车被烧毁。
部分被屠杀激怒而使用暴力的民众将矛头只针对军人，没有出现打砸抢商店事件。学生撤退队伍虽然经历了六部口坦克追轧事件，悲愤难当，经过最繁华的商业区西单大街时，也没有打砸商店。
北高联等组织在军人开枪后没有组织抗议行动，领导人快速躲避起来。各高校有学生自发的抗议行动，设置灵堂。北大等校学生广播站仍在广播，抗议屠杀。
一些民众拉着9岁孩童吕鹏的遗体四处抗议，在学院路遇上开进的64集团军部队，许多军人感到震惊，军心涣散，许多部队溃散。另有民众抬着遇难者遗体在六部口坦克第1师的警戒线抗议。
军警死亡15人，死亡时间都在6月4日凌晨1时以后，即在军人6月3日晚10时开枪之后。其中7人与民众的暴力有关。39集团军少校新闻干事于荣禄死得最冤，因立功心切，在部队受阻时不听劝告，穿便装赶往广场拍清场照片，途中被戒严部队开枪打死。
北京屠杀事件震惊海内外，引发广泛的抗议声浪。
著名翻译家杨宪益接受英国广播公司采访，强烈谴责戒严部队屠杀北京市民的罪行，认为这是中国近代史上最可耻的事。杨宪益说，北洋军阀政府、国民党政府也从未屠杀过这么多的无辜的手无寸铁的百姓，甚至是日本侵略军在占领北京的时候也没有做过这样的事。
上海。14所高校的3000余名学生上街游行，呼喊“屠杀人民，不得好死“、”打倒李鹏，讨还血债“等口号。一些高校学生在全市交通要道设置了50多处路障，致使千多辆车辆被堵，18条公交路线被迫停驶，还有一、二百公交车辆轮胎被刺坏或放气。
湖北。多数高校基本没有上课，武汉18所高校学生13000余人上街游行，抗议北京学生被镇压，游行队伍到达长江大桥时，公路、铁路交通一度中断。
黑龙江。哈尔滨一些高校的5000余名学生上街游行，呼喊“反对武力镇压“、”打倒李鹏“等口号。
山东。山东大学近1000名学生抬着花圈游行，呼喊“反对暴力“等口号。
浙江。杭州地区一些高校的4000余名学生上街游行，呼喊“反对暴力镇压“等口号。
吉林。长春一些高校的1000余名学生上街游行，呼喊“抗议屠杀北京大学生“、”反对法西斯“等口号。
山西。太原的4所高校近千名学生上街游行，呼喊“中国人民站起来“、”暴力镇压、含笑流血“、”打倒李鹏“等口号。
甘肃。兰州大学1000多名学生上街游行，声援北京学生。一些学生冲进兰州火车站，卧轨阻挡火车，使铁路交通一度中断。
四川。成都一些高校的数千名学生上街游行，在人民南路广场与武警官兵发生冲突。一伙人冲击市人大和市政府机关，砸坏和烧毁电车、警车、清洁车十多辆。21时许，烧毁人民东路公安派出所以及交通岗亭多处，抢劫多家商店。
数十万香港市民参加了在跑马地举行的“黑色大静坐“及游行，抗议北京当局以武力镇压、屠杀手无寸铁的学生和市民。在演讲者声泪俱下的发言中，许多人黯然泪下，有的嚎啕痛哭，气氛一片悲痛。主席台周围均围上黑布，插上黑旗，上书“中国人不打中国人“、“反对暴力镇压”等。会场周遭拉起的黑色横幅，则以斗大字眼宣泄市民的愤怒：“李鹏下台”、“血债血还”、“点解党内斗争搞到要杀老百姓”等。4时30分，黑色声讨大会结束，随即游行。游行队伍沿礼顿路、英皇路向北角进发，然后在新光酒楼折返，循轩尼诗道抵达中环遮打花园后解散。游行出发后，被另一支在维多利亚公园集合出发的队伍超越，而沿途也不断有群众加入，总人数接近百万。
新华社香港分社部分干部员工，昨日发表一份“沉痛的呼吁”，称对于在首都发生的血腥镇压、杀害爱国学生和群众的暴行几度愤慨。他们并发出呼吁，希望全港中资机构员工于今日以各种形式为死难爱国同胞沉痛致哀。
约20万澳门市民展开了一次有史以来最大规模的抗议集会。下午3时，数万名澳门市民齐集于大三巴举行集会，集会结束后随即展开环市大游行，途中不断有市民加入，游行队伍人数接近20万人，占澳门人口总数三分之一。
下午，台北市各界在中正纪念堂广场集会。各行各业，不分男女老少，都心痛地斥责中共的暴力镇压行动，许多人为血脉相连的同胞在争民主自由的过程中惨遭屠杀而淌下锥心的泪水，他们更以实际行动，以鲜血来写血书，掏光口袋金钱，脱下手上戒指，捐给主办单位，请转给大陆同胞及死难者的遗族，誓为彼岸民主运动做最坚强的后盾。
中午，逾六千名华人学者、学生在曼哈顿中国驻纽约总领事馆前集会，抗议中共当局屠杀北京学生和市民。参加集会人士缠上黑纱，白底黑字的“奠”和无数花圈挽联，以示对天安门事件死难者致以沉痛的哀悼，与会者高呼“打倒邓李杨政府”、“停止军事镇压”、“停止屠杀无辜”、“绞死邓小平、李鹏”、“打倒共产党”、“李鹏该死”、“邓小平该死”、“杨尚昆该死”、“制止法西斯行动”、“为同胞们复仇”等口号。
包括纽约、康州、新州、麻省等美东数十所大学的华裔教授、中国留学生同仇敌忾地在中国驻纽约总领事馆门外冒着烈日暴晒集会，部分学生对北京学生的无辜惨死，热血沸腾，激动泪下。
在美国首都华盛顿中国驻美国大使馆前有数千人示威，抗议中国军队在北京屠杀学生和市民。示威者大多数来自25所美国大学的中国留学生。他们从白宫附近的小公园向中国大使馆进发。有些学生说，他们从南部的乔治亚州驾车12小时来此，目的就是抗议北京屠杀。
美国的旧金山、休士顿、波士顿、洛杉矶都有中国留学生发动的大型抗议活动，表达他们对北京屠杀的愤怒。
世界各国政府对北京民主示威者遭军事镇压纷纷表示遗憾，中国驻一些国家的大使馆前爆发了示威抗议。一家通讯社把周日发生的血腥镇压称为“黑色北京周日”。
【美联社缅因州电】美国总统布什说，他对中国政府决定使用武力“对付和平示威者以致造成生命的丧失”感到“极度的悲痛”。
【法新社华盛顿三日电】美国国务卿詹姆斯.贝克说：“中国军队称自己为人民的军队。我们认为，用人民的军队来镇压人民是不幸的。”
【美联社东京电】日本外务省周日发布新闻公报，对北京流血事件表示“严重关切”，强烈希望局势不要变得更遭。
苏联电视台播出了中国军队镇压示威者的场面，但苏联官方对此仍保持沉默。
在不结盟的共产国家南斯拉夫，官方的“南通社”称，“天安门广场将成为一个幻想毁灭的象征，同时也是一个为理想而牺牲的象征，该理想已被坦克车与机关枪所粉碎。”
加拿大政府周日称，对北京血腥镇压感到震惊，并吁促中国政府立即采取措施制止军队的屠杀行为。
西德副外长施瓦茨周日在布鲁塞尔说：“北京发生的这一血腥镇压是中国一个重大的倒退，西德政府正密切关注着形势的发展，并吁促中国政府尽一切可能防止更多的流血事件。”施瓦茨称，欧洲共同体12国已开始准备就北京血腥镇压事件发表一项联合声明。
法国总统密特朗周日说：“中国政府对它所教育的年轻人起来向它争自由时竟然以子弹镇压，这样一个政府是没有希望的。”
奥地利外交部长莫克谴责中国政府“对争取人权和民主的人民的凶狠的、血腥的镇压”。
澳洲、比利时、泰国、荷兰亦谴责中国政府对民众的血腥镇压。
澳洲官方消息，由于北京周六的大屠杀事件，澳洲总理霍克取消原订的访华活动。
驻挪威的中国大使周日被召往挪威外交部，领取挪威外交部长斯多尔顿博格签发的官方抗议书。
意大利共产党领袖致电中国政府，谴责“正在中国进行的惨不可言的大屠杀”。
正在北欧访问的教皇约翰保罗二世对北京血腥镇压事件表示“深切的同情和忧虑”。
英国首相撒切尔夫人周日说，中国军队镇压学生使她感到震惊。她誓言英国要对香港未来的安全负责。
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