一般来说，海内外学术界将雅克萨之战的阿尔巴金城堡哥萨克战俘（其中包括神父米哈伊尔？列昂基耶夫），奉旨押抵北京的时刻，即一六八五年，作为东正教传入中国的时间，此说虽有争议，不过其他说法目前看来也缺乏足够的说服力。
俄罗斯传教团自一七一三年开始在京传教，并履行俄罗斯外交使命。教历一九零零年六月十一日，北京发生义和团运动，二百二十二名中国东正教徒被杀害，成为中国第一批殉道者，其中包括第一位北京本地神甫米特罗梵（俗名齐春，在日本为圣人尼古拉祝圣为神甫）。一九零二年俄罗斯主教公会为二百二十二名中国殉道者封圣，他们的圣骨安放于北京北馆（俄罗斯中国传教团属地）的致命堂（众教殉道者教堂）。据考察，很多圣骨经年不朽。
一九零二年，俄罗斯中国传教团团长修士大司祭英诺肯提（费古罗夫斯基）被祝圣为主教，负责中国大陆、蒙古和西藏地区的传教事务。一九零三年，根据俄罗斯主教公会之命，满洲里传教团成立，并在中国的东北地区建立教堂。俄国发生十月政变之后，俄罗斯传教团归属于海外主教公会管辖。一九二二年，成立北京教区，代理北京、上海、天津（后来包括汉口）地区的东正教事务，成立哈尔滨教区，代理海拉尔、齐齐哈尔地区事务。一九三四年，又将新疆、香港地区的事务，以及香港、广州、澳门和马尼拉等地的东正教教堂划归北京教区管理。
由于第二次世界大战爆发，俄罗斯中国传教团中断了和海外主教公会的联系。于是，一九四五年尚处于工作状态的哈尔滨主教会议做出决定，请求莫斯科和全俄至圣牧首阿列克谢一世恢复莫斯科牧首区。一九四五年十二月二十七日，莫斯科牧首区恢复仪式举行。一九四六年，中国和朝鲜境内成立都主教区，被命名为哈尔滨-东亚都主教区，包括北京、上海、哈尔滨、天津、新疆教区。可是就在这一年，上海的约安（马克西莫维奇）神父与俄罗斯海外东正教教会建立了联系，结果在中国境内又建立了一个与莫斯科牧首区平行的教会机构。很快，莫斯科与全俄大牧首任命北京和中国大主教维克多（斯维亚金），为俄罗斯中国传教团团长。约安大主教在一九四九年中共建政之后随俄罗斯侨民离开了中国。
一九五零年七月三十日，从天津来的西蒙（杜润臣）被祝圣为上海主教，成为有史以来第一位中国主教，同时还有一批中国东正教徒被晋升神职。一九五四年，俄罗斯东正教教会主教公会取消了传教团，将中国境内所有隶属都主教区的教堂遗留在中国境内。两年之后，即一九五六年十一月二十三日，俄罗斯东正教教会主教公会又做出决定，将所有教堂移交莫斯科和全俄大牧首认可的中华自治东正教教会。中华人民共和国国务院宗教局，于一九五六年同意了对中华自治东正教教会领导人的任命——即北京主教的任命。一九五七年五月三十日，北京和中国主教瓦西里（舒安）的按手礼在莫斯科举行，这意味着，瓦西里神父可以名正言顺地承担中华自治东正教教会最高领导人的职务了。但是，由于种种原因，这并不意味着他可以自主举行祈祷仪式和安排教会生活。一九六二年，中国主教瓦西里安息，一九六五年，上海主教西蒙辞世之后，中华自治东正教教会失去了领导人，接踵而来的“文化大革命”使得中华自治东正教教会惨遭迫害，宗教生活被迫停滞。直到一九六八年，时隔二十年之后，哈尔滨在中国官方登记的东正教神父，大司祭格里高利（朱世朴），才开始在当地圣母絣幪教堂恢复祈祷仪式。一九九四年，他应邀参加大牧首主持的祈祷仪式，并有权佩戴带有花饰的十字架。格里高利神父已于二零零零年长眠主怀。
俄罗斯斯莫棱斯克和加里宁格勒都主教基里尔（目前为莫斯科和全俄大牧首）于一九九三年应中国基督教协会的邀请访华，者普遍被认为是，俄罗斯东正教教会领导人在历经中苏（俄）关系风云变幻多年之后，首次正式访华。此后，都主教基里尔在二零零一年、二零零二年和二零零六年又多次访问北京和香港等地。
俄罗斯东正教教会主教公会于一九九七年四月十七日公开表明，鉴于中华自治东正教教会没有首脑，根据现状，依照牧首制教规，其母教会——俄罗斯东正教教会即为中华自治东正教教会之首领。俄罗斯东正教教会外联局被授权调整中国东正教生活，解决其实际问题。主教公会的这一决定，已于当月书面通知莫斯科和全俄大牧首阿列克谢二世以及时任中国国家主席的江泽民。无独有偶，俄罗斯东正教教会主教公会曾经于一九零二年四月二十二日做出决定，为包括北京东正教神父米特罗梵在内的二百二十一名义和团暴乱受难者封圣，以及确立每年西历六月二十四日为他们的纪念日。俄罗斯东正教教会主教公会于二零零零年十二月月二十七日决定，授权赤塔与后贝加尔主教，临时管辖中华自治东正教教会内蒙古地区的东正教事务；授予阿斯坦纳和阿拉木图大主教临时管辖中华自治东正教教会新疆维吾尔自治区教区的东正教事务；且规定上述授权在俄罗斯东正教教会外联局的协调下完成。
中华自治东正教教会的神甫亚历山大？杜大斯祭，二零零三年在北京安息主怀。他是由最后一任俄罗斯中国传教团团长维克多（斯维亚金）于五十年代初期在北京祝圣成为神父的北京神职人员。莫斯科和全俄至圣牧首阿列克谢二世于一九九八年，向亚历山大神父颁发了莫斯科英诺肯提二级勋章，以资鼓励他的传教事业和神职奉献，此后再于二零零一年向他授予佩帶在胸前的十字架。
值得一提的是，迪奥尼希（波兹尼亚耶夫）大司祭于二零零四年前往香港恢复彼得保罗教区，四年之后的二零零八年十月八日，莫斯科宗主教区主教公会决定恢复香港地区的传教活动，同时还恢复在深圳、广州和澳门的传教活动。来自莫斯科的神父阿列克谢（基谢列维奇）大斯祭自二零零五年便常居上海，在俄罗斯上海总领事馆内，为当地各国东正教教民主持事奉礼仪。
二零零七年在莫斯科还有一个值得纪念的活动，那就是，十一月二十三日，由莫斯科和全俄大牧首阿列克谢二世祝福召开的中华自治东正教教会五十周年纪念会，大会由俄罗斯东正教教会外联局主席都主教基里尔（现任大牧首）主持。莫斯科和全俄大牧首阿列克谢二世向上海的大司祭米哈伊尔（王泉生）神父、大辅祭伊凡格尔（卢亚夫）和诵经师巴比（傅希亮）授予圣者希尔盖？拉东涅什斯基一级奖章。同年十二月二十七日，俄罗斯东正教教会对外宣称，中国众多东正教信徒在困难的条件下恪守基督信仰，保持着与被祈祷的、符合教规的母教会——俄罗斯东正教教会的关系。他们认为，这对与中国官方对话和继续中华自治东正教教会生活正常化的工作大有裨益。
君士坦丁堡宗主教区于一九九六年在香港和东南亚建立都主教区。然而，君士坦丁堡宗主教区的主教公会却在二零零八年重新划分香港都主教区范围，将中华人民共和国、台湾地区和东南亚其他国家也划入其都主教区。俄罗斯东正教教会主教大会于当年即宣布，中华自治东正教教会是是其不可分割的、合乎教规之区域，同时强调了捍卫中华自治东正教教会之教权的立场，此番宣言与二零零八年四月十五日主教公会宣言的立场完全吻合。
上海的大司祭米哈伊尔（王泉生）神父、大辅祭伊凡格尔（卢亚夫）在二零零八年五旬节终于得到中国官方同意，在将近半个世纪之后，他们首次在上海俄罗斯领使馆内，与俄罗斯神父阿列克谢一道主持事奉礼仪，这成为当年中华自治东正教教会最重要的历史事件之一。次年，即二九九零年八月，中国内蒙古自治区拉布达林镇纪念俄罗斯伊尔库茨克的英诺肯提教堂圣化仪式举行，这座建了将近九年的教堂终于揭幕，上海的米哈伊尔（王泉生）神父主持了圣化仪式，该教堂所需的一切物品，包括法衣、圣像壁和事奉礼仪必备物品都是经过俄罗斯东正教教会主教公会同意，征得中方宗教局的批准从俄罗斯赤塔和后贝加尔教区运抵当地的。
二零零九年十月十三日，在北京，俄罗斯驻华使馆（原俄罗斯中国传教团属地北馆）举行了至圣诞神女教堂圣化仪式，教堂的二楼还为传教团制作了常年的展览，实际上是传教团博物馆和教堂图书馆。十一月，俄罗斯联邦总统办公厅和俄罗斯东正教教会外联局联合代表团，应中国国务院宗教局的邀请访华。代表团团长是伊拉里昂大主教，他担任俄罗斯东正教教会外联局局长和俄罗斯联邦总统办公厅宗教联合协调委员会成员。俄罗斯代表团访华期间举行了俄华宗教合作谈判，这是两国首脑会晤期间所商定的俄罗斯联邦与中国二零零九年至二零一二年睦邻、有好与合作协议所确定的项目。
时任中国国务院宗教事务管理局局长的叶小文，曾在二零零六年访问俄罗斯，应邀参加世界宗教领袖峰会；二零零九年应邀出席莫斯科和全俄大牧首基里尔的就职仪式，并且就中华东正教教会生活正常化问题与俄罗斯东正教教会外联局洽谈。
根据俄罗斯东正教教会的统计，目前中国境内（主要指中国大陆）大约有东正教教徒一万五千名左右，他们主要住在北京、上海、黑龙江内蒙古自治区和新疆维吾尔自治区等地。“文化大革命”结束之后，上海、新疆乌鲁木齐、伊宁和塔城地区，内蒙古的海拉尔、黑龙江的哈尔滨和辽宁的沈阳等地的部分东正教教堂得以修复和善用，也有一部分尚未恢复，或被做他用。
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