一八九四年底，日本夺取旅顺口後，发话可以和谈。两名中国代表准备赴日。启程之前他们於一八九五年一月五日觐见慈禧和光绪。之後慈禧又送去一道谕旨，特别庄重地“用黄纸书之”，令使者：“如日本所请於国体有碍，及中国力所不逮者，皆不许擅许。凛之，慎之。”
两名使者到达日本时，正值北洋海军基地威海卫失守。海军曾数度接到电旨，要求他们在万不得已时沉船，“总之万不可以我船资敌。”可是官兵拒绝服从命令。许多人跪下向丁汝昌求情，要他带领他们投降，不能沉船，以免日本人为沉舰而杀害他们。面对这样的压力，一八九五年二月，丁汝昌签署了投降书，把北洋十艘军舰，包括一艘铁甲舰，悉数交给了日本，然後吞鸦片自尽。至此，中国海军主力北洋舰队覆灭。日本胜利者轻蔑地说：“中国如死猪卧地，任人宰割。”东京不接受两名和谈代表，要李鸿章前来。
慈禧意识到和谈不会有能接受的结果。二月六日，她召见军机大臣，一开头就说日本“势难迁就”，应该“撤使归国”，意思是继续打。翁同龢记载，说这些话时，她“辞色俱厉”。以恭亲王为首的军机大臣“嗫嚅委婉”地“劝慰”：“不可决绝”。她坚持要打。第二天，她召见准备代理李鸿章任北洋大臣丶直隶总督的王文韶，王见她“忧愤形於辞色”。王在日记里写道：慈禧反复叮嘱他，要他告诉官兵皇太后决心打下去，“不惮烦言，历三刻许”，才放王走。王怕她还有话要说，就等在外边，直到确定慈禧不再召见了才离开。慈禧以自己的名义给王一道谕令，要众将士“各矢天良，力图振作。果能奋勇争先，杀贼立功，必有不次之赏。”
当时在南方做总督的张之洞，想法跟慈禧一样，一再呼吁不能让日本预设条件，应该不惜撤使再战。慈禧给他发电报，要他帮助朝廷决策军事。当张之洞委婉地向北京询问有关资讯时，光绪给他来了个“休管闲事”的电旨：“北洋事务，自有专司，焉能事事饬南洋知之？所请着毋庸议。”
张之洞
慈禧的话不算数。决策的男人──光绪丶恭亲王和其他军机大臣──都不想再战，宁愿接受日本的任何条件。他们怕的是日本攻进北京，推翻清王朝。光绪一想到他有可能逃亡，就“声泪并发”，让翁帝师“流汗战栗，罔知所措”。慈禧被迫同意派李鸿章去日本。她要军机大臣叫李先来北京“请训”。恭亲王生怕慈禧给李交代条件，使谈判破裂，插嘴说皇上的意思是“不令来京，如此恐与早间所奉谕旨不符”。慈禧生气地说：你们不是问我的意见吗？那麽“我可作一半主张”。
李鸿章来了。二月二十五日，他和恭亲王一道觐见慈禧，告诉她日本的条件是一定要割地：“非有让地之权者不必派来”，而光绪已经决定在这个前提下派李鸿章前去。翁同龢第二天日记写道，慈禧坚决反对李鸿章在割地的条件下赴日，恭亲王一再劝说，慈禧说：你们想怎麽办就怎麽办，不要再来问我！（“昨语割地达请东朝，大拂圣意”，“昨李鸿章所奏，恭邸所陈，大拂慈圣之意，曰：‘任汝为之，毋以启予也。’”东朝丶圣丶慈圣，都指慈禧。）当光绪还想问她，李鸿章可以割哪块地给日本时，她派太监出来说，她生病了，不见，让皇上自己决定。
李鸿章对光绪说：“割地之说不敢担承”，“让地不敢允”。光绪只好自己发指示。三月三日，他给李鸿章书面谕旨，又通过军机大臣再次对李强调：“予以商让土地之权。”割让土地不仅是皇上的决定，也是全体军机大臣的意见。这一天，军机大臣集体上书慈禧，恳求她理解皇上：“现在勉就和局，所注意者，惟在让地一节，若驳斥不允，则都城之危即在指顾。以今日情势而论，宗社为重，边徼为轻……”慈禧没有答覆。光绪在慈禧宫外走来走去，想见她，得到她的认可。慈禧不见他，他只好“逡巡而退”。
四月八日，日本的全部条件来了。要巨款，要辽东半岛，要台湾（包括附近的澎湖列岛）。台湾，用张之洞上书的话说：“极关紧要”。它是帝国的“精华，地广物蕃，公家进款每年二百馀万，商民所入数十倍於此，未开之利，更不待言。”据翁同龢记，慈禧对光绪说：“两地皆不可弃，即撤使再战亦不恤也。”
当然，慈禧也没有锦囊妙计，有的只是决绝的意志，承担风险的胆量。然而宫中的男人都不愿冒险。四月十四日，伊藤首相发出最後通牒，不答应条件就派十万日兵直犯北京。皇上吓坏了，下令马上接受日本条件：“即遵前旨与之订约”。十七日，李鸿章和伊藤签订了马关条约。日本拿走了垂涎的土地，再加赔款二亿两银子。
甲午战争中光绪的表现使慈禧感到绝望。光绪一度害怕慈禧因此废了他，他派文廷式去见两江总督刘坤一，请刘帮助“以遏慈禧拟行废立之谋”。这一步慈禧没有走。事实上她也很难走：包括恭亲王在内的军机大臣都站在光绪一边。她只能对刘坤一大谈“我甚爱皇帝”一类的话。她後来对刘说：战争丶和谈时期，“我焦急太过，日晚则神识昏迷。”有太监时常见她独自偷偷哭泣，感到她“心中无限之痛苦，咸流露於暗泣之中”，说慈禧是“天地间最痛苦之人”。
相较於中国一八四二年对英，一八六○年对英丶法的两次赔款，马关赔款显示出亚洲新强胃口既大又霸道。英丶法的索价──一次二千一百万元洋银，另一次一国八百万两银子──或多或少跟他们的兵费和平民损失有关。马关条约的二亿两银子则跟日本的消耗毫无关系。战争开始时，日本全部国库库存三千万，战争中出售国债八千万，还未收齐。李鸿章在谈判马关条约时列举的这些数字，伊藤并未质疑。
马关条约虽然还未公布，内容已经传遍全国，震惊朝野。北京有数百名官员上书，要求皇上拒绝批准条约。上书的还有一千多名从各省到北京来参加会试的举人。这样大规模的丶异口同声地说“不”，在中国历史上恐怕是第一次。但是他们的慷慨激昂诚如赫德所说，是“空话，不作数的空话”。公众舆论不像农民起义，对光绪没有实质性的压力；而日本则可能推翻大清统治。
出人意料，俄国丶德国和法国出面干涉，要求日本把辽东半岛还给中国，理由是占领它“将让中国首都永远受威胁”。欧洲害怕日本控制中国。赫德写道：“日本战胜丶统治中国，将建成世界上有史以来最大的帝国──最野心勃勃丶最勇往直前丶最强大……未来的二十世纪，小心点！”德皇威廉二世第一次使用“黄祸”一词来描绘欧洲的梦魇：“整个中国丶整个亚洲，都由日本统治。”
欧洲不能容忍日本占领中国，这使慈禧得出结论，日本进攻北京丶推翻清王朝的可能性极小，日本还没有条件挑战欧洲。她希望光绪和大臣们能看到这一点，不接受马关条约，重新和日本谈判。四月二十六日，她要军机大臣讨论，并把讨论结果告诉她。
大臣们和光绪一样，在对日本强硬之前，他们要知道如果日本不接受要求，三国将会采取何种行动。他们发电报给三国，三国无回音。二十三岁的皇上“徘徊不能决，天颜憔悴”。军机大臣没人主张不批准条约，谁也不愿负亡清的责任。大家都看着恭亲王，尽管他无谋可出无策可画，人又病得不轻。他的意见是批准。这和他的一贯作风一脉相承。
慈禧仍然坚持自己的立场，但态度起了些变化，不再强硬反对批准条约。（翁：“恭闻东朝犹持前说，而指有所归。”）五月二日那天，光绪走出徘徊，决心批准：“上意幡然有批准之谕”。翁帝师“於是战栗哽咽，承旨而退”，和光绪在书房里哭成一团。光绪想赶快了结，五月八日“催伍廷芳等在烟台即日换约，遂於是夜子初换讫。”
签订丶批准马关条约，光绪选择的是”“一条最平安的路”，赫德认为，“事关一个帝国的命运呀！”但是对慈禧来说，马关条约的代价过於高昂。
光绪皇帝的画像
美国驻华公使田贝此时在中日间斡旋调解。他既身临了战前的“好日子”，又目睹了战後的黑暗深渊，写道：“中日战争是中国末日的开端。”除了二亿两银子的赔款，中国为了收回辽东半岛，又额外付给日本三千万两银子。（日本最终接受了欧洲三国的要求，归还了辽东半岛。）日本获得的，相当於它四年的财政收入，外加大量军舰等战利品。
为了赔款，光绪在苛刻条件下从西方借了三亿两银子。过去三十年，中国外债总共只有四千一百万两银子，到一八九五年基本还清。现在却背上了巨石般沉重的包袱。清政府为偿付赔款而举借的外债连本带利共六亿多两银子，几乎是一八九五年财政收入（一亿零一百五十六万七千两银子）的六倍。
这场灭顶之灾，帐一向算在在慈禧头上。人们说她把建海军的钱拿去造颐和园，导致战争失败；说她一意主和；说她在战争期间不顾反对大办六十大寿。有人还捏造了句慈禧名言：“谁叫我一时不痛快，我就叫他一辈子不痛快。”事实上，没有任何严肃的文史资料记载她说过这句话。中国的现代海军是慈禧创建，她为了修颐和园从海军拿的钱，并没有对海军建设产生根本性影响，甲午战争失败与修颐和园无关。一意求和的更不是她。宫廷中只有她一个人毫不含糊地主张拒绝日本的条件。
甲午战败丶马关签约，责任归根究底在光绪皇帝。他弱不禁风的肩头承担不起千钧重担。赫德当时慨叹道：中国“没有首脑──没有强人”。其实，那里有一个女强人。但身为女人她不能做首脑，宫墙外也听不到她的声音。一位颇有洞察力的法国人说：慈禧是“中国唯一的男子汉”。这才是一八九五年紫禁城中的慈禧。