1882年6月24日，马寅初出生在浙江绍兴一个以酿酒为业的小业主家庭。他出生后不久，父亲为了寻求更好的酿酒水质，将全家迁移到地处黄泽江与剡江会合处的嵊县浦口镇。父亲见五个儿子中排行老五的寅初聪明伶俐，有心让他读书识字以便继承父业。马寅初不喜欢乡下私塾中的四书五经，一心向往城里的新学堂，在求学无望的情况下，他一头扎进了黄泽江，被人救起后才得以到上海求学。
1901年，马寅初入天津北洋大学（1951年更名天津大学）矿冶专业学习。1906年，他被清政府保送至美国留学，十年间先后获得耶鲁大学经济学硕士学位和哥伦比亚大学经济学博士学位。1915年，马寅初回国任北洋政府财政部职员兼中国银行总司券。1916年，马寅初任国立北京大学经济系教授兼系主任。当年的北大教授大都是乘人力车到校授课，唯有马寅初乘坐的是中国银行的大马车。与马寅初同在哥伦比亚大学留学的胡适，是一年之后才完成学业回国任教的。
1919年4月8日，北大校长蔡元培在浙江同乡汤尔和、马叙伦、沈尹默等人的推动下，召集文理两科教授会主任及政治、经济系主任开会，决定免去陈独秀的文科学长职务，选举回嵊县奔丧的马寅初为北大第一任教务长。
1922年7月3日，正在山东济南参加中华教育改进社第一次年会的胡适在日记中回忆说：“当时原议教务长只限于文理二科合成的本科，而不管法科。尹默又怕我当选，故又用诡计，使蔡先生于选举之日打电话把政治、经济两系的主任加入；一面尹默亲来我家，说百年（陈大齐）等的意思不希望我第一次当选为教务长。他们明说要举马寅初（经济系主任）。我本来不愿当选，但这种手段是我不能忍耐的；……但后来尹默与寅初又成冤家，至今不已。”
同年8月10日，胡适在日记中记录了马寅初的性福生活：“饭后与马寅初同到公园，……寅初身体很强，每夜必洗一个冷水浴。每夜必近女色，故一个妇人不够用，今有一妻一妾。”
晚年马寅初与二夫人王仲贞及儿女
查《中华读书报》1999年3月17日刊登的朱宝琴文章《马寅初和他的两位妻子》，马寅初与原名团妹的原配妻子张桂君结婚于1901年，张桂君先后生育了一男三女，其中的大儿子一岁多时不幸夭折。到了1917年，留学归来的马寅初回嵊县老家迎娶了与女儿马仰班同岁的二夫人王仲贞。小学毕业的王仲贞当时只有13岁，比马寅初小了22岁。马寅初与两位妻子恩爱和谐，王仲贞先后生育了二男二女，马寅初因此拥有了两个夫人七个孩子的美满家庭。
鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初，似乎从来没有表现过什么好感。1926年10月20日，正在厦门大学任国文系教授的鲁迅，在写给许广平的《两地书》中写道：“这几天此地正在欢迎两位名人。一个是太虚和尚到南普陀来讲经，……一个是马寅初博士到厦门来演说，所谓‘北大同人’，正在发昏章第十一，排班欢迎。我固然是‘北大同人’之一，也非不知银行之可以发财，然而于‘铜子换毛钱，毛钱换大洋’演说，实在没有什么趣味。所以都不加入，一切由它去罢。”
鲁迅所谓的“铜子换毛钱，毛钱换大洋”，指的是马寅初发表在1924年《晨报六周年纪念增刊》的《中国币制问题》，其中谈到了主币与辅币的换算问题。到了1928年1月28日，鲁迅在自己主编的《语丝》周刊4卷7期化名“楮冠”发表《拟豫言——一九二九年出现的琐事》，其中专门讽刺马寅初说：“有博士讲‘经济学精义’只用两句，云：‘铜板换角子，角子换大洋。’全世界敬服。”
另据宋运郊在《回忆我们的老校长——马寅初先生》一文中回忆，1956年秋天，北大文科同学为了纪念鲁迅逝世20周年，建议邀请许广平到北大介绍鲁迅事迹。时任北大校长的马寅初虽然同意了这件事情，却“碍于情感方面的因素”，没有出面接待许广平。
1927年后，马寅初先后任浙江省政府委员、南京国民政府立法院立法委员、立法院经济委员会委员长、财政委员会委员长等职，并先后出任国立中央大学（1949年更名南京大学）经济系教授兼系主任、重庆大学商学院教授兼院长。1948年当选为中央研究院第一届院士。
马寅初在国民党统治期间，一直以财政经济专家身份研究中国的财政经济，剖析蒋、宋，孔、陈“四大家族”的官僚资本，先后被蒋介石下令关押软禁于息烽集中营、上饶集中营，最后被软禁于重庆歌乐山家中，直到抗战胜利才恢复人身自由。
抗成胜利后，马寅初继续反对四大家族的官僚资本主义，痛斥国民党政府出卖民族利益，甚至于指名道姓批评蒋介石的相关政策，从而赢得了中国共产党的热烈欢迎。1949年，马寅初先后担任中华人民共和国中央人民政府委员、政务院财政经济委员会副主任、华东军政委员会副主任、浙江大学校长。1951年出任北京大学校长。
50年代初，马寅初开始研究中国人口增长过快的实际问题，在著名的《新人口论》中较为系统的分析了“人口增长过快”的问题：
其一、人口增长与资金积累的矛盾。因为中国人口多，消费大，积累少，只有把人口控制起来，使消费比例降低，才能多积累资金。
其二、搞社会主义，就必须提高劳动生产率，多搞大工业，搞农业电气化、机械化。然而，为安排好多人就业，就不得不搞中小型工业，农业搞低效率劳动实际上是拖住了高速度工业化的后腿。
其三、和工业原料的矛盾。大办轻工业可以有效地积累资金，但是轻工业原料大多数来自农业。由于人口多、粮食紧张，就腾不出多少地种诸如棉花、蚕桑、大豆、花生等经济作物。同时，也由于农产品出口受到限制，就不能进口很多的重工业成套设备，影响了重工业的发展。
其四、全国人均不到3亩地，大面积垦荒短期内又做不到，“就粮食而论, 亦非控制人口不可”。作为结论，他尖锐地指出：控制人口实属刻不容缓，不然的话，日后的问题益形棘手，愈难解决。政府对人口若再不设法控制，难免农民把一切恩德变为失望与不满。
1960年1月4日，由于《新人口论》遭受来自最高层的政治批判，马寅初被迫辞去北大校长一职。随后，他与两位妻子被下放到浙江嵊县老家。1979年9月11日，恢复名誉的马寅初被教育部任命为北京大学名誉校长，随后又被增选为第五届全国人民代表大会常务委员会委员。1982年5月10日，马寅初以百岁高龄逝世于北京。
与向往计划经济的马寅初所提倡的计划生育不同，他的浙江同乡、美国哥伦比亚大学的校友、前北大校长蒋梦麟，在台湾提倡的是更加人道的节制生育，也就是依靠农业复兴委员会从美国引进的先进的节育技术，免费向台湾居民宣传并提供自主生育方面的医疗服务，从而取得了符合人性的巨大的成功。
《时代教育：先锋国家历史》2007年第19期
删节稿载《保安日报》2013年3月21日