小说开篇，描绘的是中国大西北草原上生物们命运转折的图景。那里的马群曾是自由的、一切生物都曾是自由的。可随着人类的到来，枪声响起，杀掉吃掉动物、砍伐植物，人类剥夺了生物的自由和生命，取其代之的成为了这里的主人。而来到这里的，就包括从遥远的东南沿海运来的成千上万劳改犯，以及来自中国各地的、看守他们的军警和干部。
而“陆犯焉识”，即名叫陆焉识的犯人，就是被转运来“劳动改造”的罪犯一员。“陆犯焉识”是一位人类，但处境更与被侵害和剥夺自由的兽类相近，与拥有自由、看管他们的那些人类，是近在咫尺却“相远”的。
小说开篇对于草原上生物享有和被剥夺自由的描绘，不仅在引出失去自由的陆焉识等劳改犯们的生活，本身也在喻示中国许多人尤其知识分子命运的转折。
“据说那片大草地上的马群曾经是自由的。黄羊也是自由的。狼们妄想了千万年，都没有剥夺它们的自由……大草漠上的所有活物都把一切当作天条，也就是理所当然，因此它们漫不经意地开销、挥霍它们与生俱来的自由。
……
大群的着衣冠的直立兽来了。于是，在这大荒草漠上，在马群羊群狼群之间，添出了人群。人肩膀上那根东西是不好惹的，叫做枪。
枪响了。马群羊群狼群懵懂僵立，看着倒下的同类，还没有认识到寒冷疾风冰霜都不再能呵护它们，因为一群无法和它们相克相生的生命驻扎下来了。”
这可以看作对民国生长的知识分子，从民国进入共和国这一历程的暗喻。无论陆焉识，还是其他许多民国知识分子、人民大众，在民国时代，将基本的人身自由和信仰自由，当成本来就应拥有的必然之物、寻常之物。他们以为，改朝换代后，这些东西不会变，乃至还会有更多自由。
这些知识分子就像这些马和羊一样，没有防备心的，被新来的这片土地上的主宰者们，像对待畜生一样，被拘禁和处决。而那些看管他们的人，都是直立行走的、衣冠楚楚的、光鲜的看着是堂堂正正的人，和这些被看管者是生物学上的同种同类。可其德行，连爬行的兽类也不如。
终于有所醒悟的被猎者们，已经来不及也更没有能力反抗了。而此时失去自由的幸存者们，才明白：自由是非常可贵的，以及自由并不是必然的，是会失去的。
就像生了大病才明白健康多么幸福、失去至亲才回忆亲情可贵那样，对各种珍贵的东西，包括自由，人们往往在失去后才懂得珍惜，可惜往往为时已晚。
而陆焉识，对“失去才明白珍贵”的体会更深，是刻骨铭心的。1950年代至1970年代，他不仅失去了自由，也与妻子长别、与儿女骨肉分离。曾经对妻子的淡漠、对家庭的疏远，让他后悔，让他为了在银幕里、现实中看到亲人，不惜代价的如《三国演义》中关羽“过五关斩六将”般，突破劳改营的重重阻碍，离开场站看女儿出镜的电影，后又不惜冒着死亡危险越狱、回到几千公里外的家，只为看一眼妻女。
《陆犯焉识》的故事，正是从此开始。失去、后悔、重新追逐，在经历磨难与对亲人的悔恨中，寻回爱情与亲情，以及对人格与理想的默默坚守。