在“制宪会议”上，代表们主要围绕着哪些问题展开了争论?或者说，他们主要有哪些分歧?最后是如何达成妥协的?
第一个主要的分歧是，国会的组成以及选举方式。关于参议院该怎么分配名额，大家争论不下，大州主张实行比例代表制，希望按照人口分配，人口多的，参议员就多，但小州不同意，主张实行平等代表制，最后大州妥协，同意平分名额，每个州都出两个代表，各州在参议院有平等的投票权。这样的话，众议院根据人口产生议员，参议院等额分配给各州。这等于说是一个平衡，大州小州都考虑到了，该方案最终被接受。
第二个争论比较大的问题是，行政机关的组织和产生方式。首先是，到底由几个人来当总统?怎么选?任期如何?什么情况下应当被弹劾?这些问题争论比较大。有人主张一个人当总统，有的人主张三个人。产生的方式也有几种意见，比如说，有的人认为，应当由各州州长来任命;有的人认为，应由人民直接选举;还有人建议由选举人来选举;也有一种方案是，由各州的议会来选举;最后一种方案是，由国会来抽签决定。可见，这些建议五花八门，因为很多人当时比较担心总统权力太大，他们刚刚打败了大英帝国的国王，行政机关的职位一定得安排好。如果它权力太大的话，它就会变成下一个国王，如果权力太小的话，行政机关无法发挥作用。因为行政机关要在紧急情况下发挥重要的作用，太弱也不行，太弱的话，还不如保持现在的邦联算了，没必要搞什么更强有力的政府。所以，总统的产生问题争论很激烈。
大州倾向于总统由人民选举，这种选举对他们有利，因为它们人口多，小州普遍同意通过一种间接选举的方式产生总统，或者说，能让小州有发言权的方式来产生总统，后来达成的妥协是，通过选举人团进行选举。大州和小州都发挥作用，因为每个州产生的选举人人数，是根据其在参众两院的人数来确定的。这样的话，因为参众两院是既考虑了人口又考虑了平等问题，所以最后还是一个妥协，大州小州都能在选举总统中发挥作用。
对于总统的任期，如果太长的话，容易被人认为搞世袭，如果太短的话，频繁的选举，不利于行政权的行使。最后，与会代表们达成一致的是，总统任期四年，但当时的宪法上，并未限制总统连选连任，即使任期超过了两届。开国总统华盛顿为后来者树立了一个榜样，当了两届总统之后，他就不再参选了，此后的总统也都恪守这个惯例，直到富兰克林·罗斯福当总统之后，他竟然当了三届，并且，死在了任上。1951年，美国通过了宪法第二十二修正案，规定了总统任期不得超过两届。
“制宪会议”上第三个争论比较大的问题是奴隶制。1787年之前，对于奴隶制的讨论比较少，与会代表们可能感觉到，南方和北方很难就这个问题达成一致，拥有奴隶和不拥有奴隶几乎是截然相反的这种看法，于是代表们试图回避。一些拥有奴隶的代表意识到，将来有一天奴隶制肯定要废掉，其实就是个时间问题，现在提出来讨论可能不合适，因为这直接威胁到南部拥有奴隶者的经济利益，他们恐怕难以接受。在“制宪会议”上，代表们所能想到的，一个就是关于逃亡奴隶的问题，就是一个奴隶逃到别的州，特别是逃到自由州之后，是不是就变成了自由人。最后，他们否定了这一点。
另外一个就是，关于奴隶贸易是不是在某个时间点上应当终结的问题。当时，奴隶贸易还存在，大量的奴隶被运往殖民地，但一些代表们觉得，这个太不人道了，这个东西必须终结，虽然现在的奴隶可以先保持着，但是奴隶贸易应当结束。最后，他们达成了妥协，就是决定在1808年的时候要结束奴隶贸易，从他们召开“制宪会议”时起，大概再过20年，奴隶贸易就不能再进行了。这可以说是南方和北方之间，或者说，蓄奴州和自由州之间，最重要的妥协之一。
第四个“制宪会议”上争论的主要问题是，关于法官的遴选方式。小州主张，由参议院来任命法官，但是麦迪逊，还有其他的一些人，主张由总统来任命法官，后来的妥协就是，麦迪逊提出来，那干脆由总统提名、参议院批准，这两个机构都参与，这种妥协最后变成了一个非常好的安排，因为这两个机构同时对司法机关都有制约。
三权分立不只是说三个机构独立存在，各自行使自己的权力，而是每一个机构都有制约其他机构的方式。这看似是一个不重要的妥协，结果变成了一种优良的制度安排。
最后，一些代表们提出要制定“权利法案”的问题。会议快结束的时候，乔治·梅森等人提出来，这个宪法缺一个权利法案，应该加上。一些代表认为，加这个权利法案是很容易的事情，一会儿就可以搞出来一个，但大多数代表觉得没必要，因为宪法上对权力的限制就意味着对权利和自由的保护，而且，一旦在宪法上罗列一些基本权利和自由，会让政府误以为，那些没有列举的基本权利和自由不受宪法的保护。这个时候，很多代表们已经在费城待了将近四个月了，他们急着要回家，就没有太当回事儿，但是就在这个时候以及后来批准过程当中，麦迪逊以及其他很多人都认识到，权利法案肯定是需要的，如果不制定的话，新宪法在一些州批准很困难，而且有必要起草这样的一个东西出来，让很多人相信，新政府是保护人民的基本权利和自由的。
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