一九四九年之后的历届北大校长之中，马寅初无疑是最受北大师生和知识界尊重的一位。然而，马寅初在北大也遭受了巨大的屈辱和无尽的批判。那是北大历史上黑暗的一页。
上个世纪七十年代末，文革结束之后不久，许多外宾来华访问，鉴于马寅初崇高的声望和二十多年的沉默，他们纷纷问及马寅初的情况。于是，有关方面专门派一名新华社记者前去采访马寅初，希望放些信息出来让海外关心马寅初的人们安心。
“近二十年来，马寅初不是被人们遗忘了吗？”马寅初的次子在电话中这样质问记者，并代表马寅初拒绝了这次由官方刻意安排的采访。“我父亲本人和我们家属迫切要求党组织对他落实政策，希望能够尽快复查他的问题，公开平反，恢复名誉。”
时光倒流到二十年前。一九五九年十二月十五日，康生将北大党委书记陆平叫到中宣部，布置批判马寅初的事宜，还告知北大方面，在批判完成之后中央会将马调离北大这个“战略重地”。于是，陆平回校之后召开常委会，传达康生指示：“马寅初最近很猖狂，给《新建设》杂志写了一篇《重申我的请求》的文章。他的问题已经不是学术问题，而是藉学术为名搞右派进攻，要贴大字报把他拖住，不让他外出视察。”北大党委常委会对此进行了研究，并于十二月十七日给北京市委写了报告，提出批判马寅初的做法和安排。
这个报告说，要通过学术讨论揭发马寅初的政治问题，要对马寅初的学术、政治问题一起进行批判，要把马寅初的洋奴思想搞臭，还要彻底揭露马寅初的政治面目。具体做法是：以北大人口问题研究会、毛泽东哲学会、经济学会民意出面组织学术报告会，批判马寅初的“人口论”、“综合平衡论”等谬论，然后动员群众在校园内贴大字报全面揭发和批判。
据《北京大学记事》记载：十二月二十八日，北大毛泽东经济思想学习研究会举行报告会，由经济学系教师作《批判马寅初团团转综合平衡论》的报告。三十一日，北大学报发表马寅初的长篇论文《我的哲学和经济理论》和四篇批判马寅初的人口论的文章。从一九五九年十二月十五日至一九六零年一月下旬，先后有两百多篇批判马寅初的文章在《光明日报》、《文汇报》、《新建设》上发表。许多文章直接辱骂马寅初是“资产阶级代表人物、地主、资本家”、“披着学术外衣，贩卖反动政治观点，向党的社会主义路线进攻”。
马寅初在这声势浩大的批判运动面前没有屈服，他在反驳文章中指出：“我认为这不是一个政治问题，是一个纯粹的学术问题，学术问题贵乎争辩，愈辩愈明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身，退避三舍’的念头。相反，应知难而进，决不应向困难低头。我认为在研究工作中事前要有准备，没有把握，不要乱写文章。既写之后，要勇于更正错误，但要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的生命，有所不利，亦应担当一切后果。我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以行动来教育学生，我总希望北大的一万零四百学生在他们求学的时候和将来在实际工作总要知难而进，不要一遇困难随便低头。”遗憾的是，当时的北大已经高度政治化了，它不再是蔡元培时代的北大，不再有“兼容并包，思想自由”的传统。北大师生当中没有几个人能够体会和认同马校长坚持真理的勇气，大部分人都参与了对马校长的攻击和批判。
一九六零年三月三十一日，马寅初被迫辞去北大校长的职务，由陆平继任。不久，马寅初的全国人大常委的职位也被罢免。此后二十年，马寅初彻底从公共领域消失了，他也被剥夺了学术研究和教书育人的权利。具有讽刺意义的是，直接操纵批判北大批判马寅初运动、并由此当上北大校长的陆平，在六年之后的文革中却成为北大的“黑帮头子”，十年间受尽折磨。在牛棚里、在批斗会上，陆平有没有良心发现的时刻，对自己昔日领导的“批马运动”进行忏悔呢？我没有在公开发表的言论中看到陆平曾经向马寅初道过歉。
这不是马寅初第一次倒霉。一个追求真理的知识分子，在二十世纪的中国不会有好日子过。一九三八年，马寅初出任重庆大学商学院院长，他多次公开批评国民党当局压制言论自由的做法。马寅初在一次演讲中说：“言人之所言，那很容易；言人之欲言，就不太容易；言人之不能言，就更难；我就要言人之不能言。”他直接点名斥责孔祥熙、宋子文的贪污腐败行径，要求最高统治者蒋介石能够“大义灭亲”。在那次演讲中，马寅初大义凛然地说：“今天我将我的儿女都带来了，是要让他们知道我的主张是什么，今天我的演讲就是我留给他们的遗书，我马寅初不怕死，怕死就不来了。”此后，马寅初受到国民党当局的严密监视、软禁直到被捕。一九四四年，在各界人士的声援下，马寅初重新获得自由。就在恢复自由之后的第一次公开演讲中，他发布了自己在监禁期间写作的论文《中国的工业化与民主是分不开的》。这篇论文即便是放在六十年之后今天，仍然闪烁着思想的光芒。那些鼓吹“新权威主义”和“王道政治”的学者名流们真该找来认真读一读。
追求真理就是要付出代价，没有任何一种真理会像馅饼一样从天上掉下来。马寅初先后在两个政权下度过了将近两段加起来接近三十年的幽居岁月，这就是他付出的沉重代价。直到胡耀邦主持中央工作之后，方才亲自批示给马寅初平反。一九七九年九月十四日，北大召开干部大会，给马寅初平反、恢复名誉。此时，马寅初已经是九十七岁的老人了。
北大有负于马寅初校长。当年那些自愿或者被迫参与辱骂和批判马寅初的北大师生，有谁向老校长道过歉呢？据我所知，没有一个人公开地道过歉。我相信，当年不少的参与者，如今正是北大各个学科领域中风风光光的教授、博导乃至院士。大家都把自己年轻时候的罪过与错误深深地掩盖起来——自己原谅自己、自己给自己找到开脱的理由，这是中国人最精通的、无师自通的生存秘诀。
然而，我相信，如果作为整体的北大和作为个体的每一个北大人，不向马寅初校长道歉，不向每一个在历次政治运动中被侮辱和被伤害的师长、同学、同事道歉，北大就无法完成自我更新，北大就无法与蔡元培的传统完成对接。如果真相和真理一直处于被遮蔽的状态，北大也就无法健康地成长为世界一流的大学。
北大有谁向马寅初道过歉？这不仅对已经逝去的马寅初校长来说是一个问题，更对每一个北大人来说都是一个问题。
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